L'azienda ospedaliera, integrata con l'università di Pisa, ha come missione di contribuire a garantire i più elevati livelli di salute possibili. In particolare l'A.O.U.P. assicura: attività assistenziale di ricovero, prestazioni ambulatoriali specialistiche e attività d'emergenza-urgenza. L'A.O.U.P. svolge in forma unitaria e coordinata le funzioni di assistenza ospedaliera, strettamente integrate con la didattica e la ricerca del polo universitario. In particolare nello stabilimento di Cisanello sono trattate tutte le chirurgie (comprese la neurochirurgia, la cardiochirurgia, la chirurgia vascolare, toracica e di urgenza), tutte le ortopedie, l'otorinolaringoiatria, la cardiologia, la pneumologia, l'endocrinologia, la diabetologia, la medicina interna, la nefrologia, l'urologia, l'emodinamica, la neurologia, la gastroenterologia e il trattamento delle malattie infettive.