L'azienda ospedaliera, integrata con l'università di Pisa, ha come missione di contribuire a garantire i più elevati livelli di salute possibili. In particolare l'A.O.U.P. assicura: attività assistenziale di ricovero, prestazioni ambulatoriali specialistiche e attività d'emergenza-urgenza. L'A.O.U.P. svolge in forma unitaria e coordinata le funzioni di assistenza ospedaliera, strettamente integrate con la didattica e la ricerca del polo universitario. In particolare nello stabilimento di Santa Chiara sono trattate tutte le problematiche materno-infantili, la psichiatria e la psicologia clinica, l'oncologia, l'ematologia anche pediatrica, la radioterapia, la chirurgia plastica, la dermatologia, la senologia, l'odontoiatria, l'immunologia e l'allergologia clinica, la podologia, la medicina dello sport e la reumatologia.